超聲波粉碎儀使用前要將超聲變幅桿插入樣品后才能開機，不可以空載操作。
超聲波粉碎儀的超聲參數設置：設置鍵好儀器工作參數，對于對溫度要求比較敏感的樣品一般外面采用冰浴，實際溫度肯定是低于25度，蛋白核酸肯定不會變性。
1、時間：超聲時間每次好不要超過5秒，間隙時間應大于或等于超聲時間，以便于熱量散發。時間設定應以超聲時間短，超聲次數多原則，可延長超聲機子以及探頭的壽命；
2、超聲功率：不宜太大，以免樣品飛濺或起泡沫，如小于10ml樣品容量，功率應在200w以內,選用2mm超聲探頭，另將面板后面的變幅桿選擇開關打到相應擋；10-200ml樣品容量的功率在200－400w，選用6mm超聲探頭，另將面板后面的變幅桿打到相應擋；200ml以上的樣品容量功率在300-600w之間，選用10mm超聲探頭，另將面板后面的變幅桿打到相應擋；
3、超聲波粉碎儀的容器：多少樣品就選多大的燒杯，這樣有利樣品在超聲中對流，提高破碎效率。
4、為了預防冰浴融化后液面下降導致空載，樣品需放在1.5ml的EP管里切記要將EP管固定好。
5、超聲探頭（變幅桿）插入水的深度在1.5cm左右，液面高度在30mm以上好，探頭要居中，不可以貼壁。超聲波是垂直縱波，插入太深不容易形成對流，會直接影響破碎效率。
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