超聲波提取技術應用越來越廣泛，在中藥提取方面已工業化。
超聲波中藥提取設備對中藥的提取在我國有大量有機溶劑用量少、萃取時間、萃取溫度、長加工路線、高萃取效率低的缺陷，導致高含量的中藥產品中有機溶劑殘留量，有效成分含量低，質量難以控制，效果不明顯的主要問題，如產品價格低，市場競爭力不強，大大限制了我們的過程中醫現代化。
超聲波用于中藥的提取可以顯著降低溶劑消耗，縮短萃取時間，在較低溫度可以達到更高的提取率，而且不會破壞活性成分的中藥，可廣泛用于傳中醫統皂苷、生物堿、黃酮類、蒽醌類、有機酸、多糖等成分的提取。超聲波誘導超聲空化，活化反應液體在容器在倒塌的空化氣泡伴隨著沖擊波或射流作用于細胞壁和讓它破碎。超臨界CO2萃取的綠色無污染，少溶劑殘留或無活性成分，產品不容易失活、高產品質量，成為近年來研究的熱點。但同時這種技術存在萃取壓力、長時間、高萃取率低，能耗高的大劑量的夾帶劑和缺點，大大限制了其工業應用。如果超聲波應用于超臨界流體萃取可明顯減少。
超聲波在生物技術的應用是個新的突破。研究表明，超聲波作用可激活某些酶與細胞參與的生理生化過程，通過改變反應物的質量傳輸機制，提高酶的活性、加速細胞新陳代謝過程。超聲波用于淀粉的降解，可顯著增加淀粉在水中的溶解度而保留明顯的淀粉特征，但超聲波多次處理后酶活性有所降低；超聲波用于降解殼多糖速度快、成本低、氨基酸含量不變；超聲波用于提取真菌多糖，如蟲草多糖、香菇多糖、猴頭多糖等，超聲波酶法與傳統工藝比較提取率高、反應過程無物料損失和副反應；此外超聲波還用于降解提取多種葡聚糖等。
此外，超聲波用于改善過濾過程主要表現在可使超細粒子凝聚，因此過濾加快;系統提供足夠的振動能量，保持粒子懸浮的一部分，提供了一個更自由通行的溶劑分離;加強傳播的液體通過多孔介質。超聲波已成功用于工業混合的真空過濾機，如煤泥過濾。濾漿是困難和耗時的工作，當超聲波用于過濾、質量分數的煤泥水迅速從減少到25、50和普通方法只能減少到40。超聲波應用于蛋白質超濾可有效提高分離效率，減少蛋白質吸附在膜。超聲波方法具有效率高、準確、可靠、操作簡便等特點，超聲的電滲析分離也可以扮演一個角色。研究超聲輻照能提高電解液的能力通過膜，以提高效率的電滲析。
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